Do przeprowadzenia audytu podatkowego należy przygotować dokumentację finansową (sprawozdania finansowe, księgi rachunkowe, faktury i inne dowody księgowe), dokumentację podatkową (deklaracje podatkowe, ewidencje podatkowe, rejestry VAT) oraz dokumenty korporacyjne (umowy spółki, regulaminy wewnętrzne, procedury podatkowe). Ważne są również dokumenty dotyczące transakcji (umowy z kontrahentami, dokumentacja cen transferowych), dokumenty wewnętrznego nadzoru podatkowego (procedury zarządzania ryzykiem podatkowym, raporty z audytów wewnętrznych) i korespondencja z organami podatkowymi (interpretacje podatkowe, decyzje organów podatkowych). Dodatkowo, przygotować należy dokumentację pracowniczą (umowy o pracę, listy płac) i inne istotne dokumenty, takie jak polityka rachunkowości czy dokumentacja dotycząca ulg podatkowych.